Чакра (チャクラ, "Чакура") является неотъемлемой частью даже самой базовой техники. С помощью различных методов, наиболее распространёнными из которых являются ручные печати, можно регулировать и управлять чакрой, чтобы создавать эффекты, которые в противном случае будут невозможны, такие как ходьба по воде, выдыхание огня или создание иллюзий. Чакра обычно не видна невооружённым глазом, если она не сконцентрирована или не проявляется в больших количествах. Это встречается редко из-за ограничений восьми конкретных тенкетсу, известных как Хачимон, которые ограничивают количество чакры, которое человек может высвободить за один раз.