Это должен быть разный механизм подсчета. Например, в одном случае считаются заходы на титул проекта (действие браузера "открывание страницы") и нажатия на кнопки "читать" для глав. И еще, наверно, нажатие на ссылку "следующая глава".
А другом, возможно, считаются все респонсы "открыть страницу" от браузера, включая главы. Так что получается, что заход в главу присчитывается не только по ссылкам "читать" и "следующая глава", но и откуда-то с другого места впрямую Например, у читателя остался в браузере адрес последней читанной главы - он ее и открыл просто из адресной строки браузера.
Если действительно интересно, можно проверить, позаходив на главы проекта разными способами, и посмотреть, как меняется статистика.
Можэно еще проверить, как меняются цифры при скачивании. Например, скаивание одним файлом нескольких глав вообще не дает изменения статистики - ни заходов, ни скачиваний.